Elmir syntyi 8.maaliskuuta 1995 Kazanissa. 13-vuotiaana  hän liittyi Rubiniin ja debyyttiottelu edustusjoukkueessa oli maaliskuussa 2014 Anzhia vastaan. Reilua vuotta myöhemmin hän teki avausmaalinsa, vastassa tuolloin Zenit. Nabiullin pelasi 98 ottelua Rubinin paidassa, tehden neljä maalia.

Venäjän nuorten maajoukkueessa hänen debyytti oli maaliskuussa 2015 Kazakstania vastaan.